Caractériser l'évolution du microbiome au fil du temps résultant du mode de vie, de la génétique et de l'environnement et comprendre son lien précis avec la maladie donneront naissance à de nouvelles méthodes stimulantes pour prévenir la maladie et recouvrer la santé. Ces solutions peuvent prendre de nombreuses formes, allant des cocktails de micro-organismes et de phages qui favorisent un microbiome florissant en passant par les molécules ou composés traditionnels de petite taille qui ciblent les voies pour augmenter ou supprimer l'activité du microbiome, les diagnostics axés sur le microbiome capables d'identifier les précurseurs de la maladie, jusqu'aux vaccins qui remodèlent la réponse du système immunitaire aux changements dans le microbiome. Toutes ces solutions potentielles offrent la possibilité d'intervenir de manière plus précise qu'avec les modalités traditionnelles afin d'impacter des cibles multiples et de traiter les causes premières de la maladie.
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