Баланс и разнообразие микробного сообщества напрямую связаны со здоровьем микробиома. Питание, прием лекарств и другие внешние факторы взаимосвязаны и могут нарушить баланс микробиома, вызывая появление наблюдаемых симптомов или других признаков развития болезни. В то же время вмешательства, направленные на восстановление такого баланса (например, перемена образа жизни или прием микробных коктейлей), способны вылечить или даже предотвратить болезнь.